GeT | Fait marquant technologique 2017 : le Chromium de 10x Genomics
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
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Fait marquant technologique 2017 : le Chromium de 10x Genomics

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Au cours de cette année, la plateforme GeT a renforcé son offre technologique en « single molecule » et « cellule unique ». En effet, il y a 5 ans, la plateforme s’était positionnée parmi les premiers en « early access » sur un automate de préparation « Single Cell » : le C1 de la société Fluidigm.

 

Le Système « Single Cell » C1, basé sur une technologie microfluidique, permet d’isoler et traiter de 96 à 800 cellules pour des analyses d’expression ciblées (sur 96 cibles) et du séquençage NGS sur acides nucléiques (mRNASeq pleine longueur, 3’ ou DNASeq). Fin 2016, la plateforme s’est équipée d’une machine permettant de façon massive et parallèle l’isolement d’une cellule dans une gouttelette et ce jusqu’à 10000 cellules et de préparer des librairies 3’ barcodées à partir des ARNm contenus dans chaque gouttelette. Cette machine est le Chromium de la société 10x Genomics. Après préparation des librairies, le séquençage s’effectue sur HiSeq3000 (50 à 100k reads par cellules) d’Illumina.

Cette nouvelle technologie vient en complément du C1 et permet, à l’échelle de la cellule, de réaliser des études de diversité cellulaire et de caractériser l’ensemble des populations présentes dans un échantillon.

 

Utilisée en aval d’un trieur de cellules, directement avec des cellules en culture, ou sur cellules congelées et/ou fixées, elle a déjà permis avec succès l’étude de l’expression génique de nombreuses sous-populations de différents types cellulaires. C’est le cas pour l’étude des cellules progénitrices de neurones de Zebrafish, des myéloblastes humains, des lymphocytes T murins et des cellules embryonnaires de truies.

D’autres projets sont en cours de réalisation au niveau local (cellules stromales ou progénitrices du tissu adipeux et cellules de drosophile).

 

Le Chromium est localisé sur la plateforme GeT-PlaGe (INRA Castanet), dans une pièce pré-PCR, dispose d’un environnement de travail dédié aux ARNs et un microscope permettant le contrôle des cellules avant manipulation.