GeT | GeT-Santé (ex GeT-TQ)
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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GeT-Santé (ex GeT-TQ)

Responsable opérationnel

Description/spécificités

En tant que porte d’entrée des problématiques de la communauté « santé » au sein de la plateforme GeT, le plateau GeT-Santé est à même de mettre en relation cette communauté avec l’interlocuteur le plus approprié de la Plateforme GeT.

Dans le domaine de la quantification des transcrits, il met à disposition ou propose en service, les technologies de bas à haut-débit en qPCR (StepOne, ViiA7, Biomark) et par ddPCR (QX200). Il dispose de divers outils permettant le contrôle qualité de vos échantillons (NanoDrop, DropSense, Fragment Analyzer).

Au sein de GeT, le plateau a développé une approche analytique « single cell » à travers des outils comme le C1 Fluidigm ou le Chromium de 10X Genomics lui permettant de proposer ses services dans ce domaine (expression génique sur cellule unique, séquençage DNA ou RNA sur cellule unique).

GeT-Santé a aussi l’ambition d’accompagner les équipes de recherche en santé dans la réalisation de projets de séquençage nouvelle génération, en s’appuyant notamment sur l’offre technologique et l’expertise présentes à GeT-PlaGe : séquençage haut débit et très haut débit sur Illumina, séquençage long reads sur Oxford Nanopore. La préparation des librairies NGS (WGS, WES, RNAseq avec ou sans ribodéplétion des ARNr…) fait également partie des services que GeT-Santé propose.

Outils

Equipement

  • Matériel phare :
    • C1 Single Cell Auto Prep System (Fluidigm)
    • QX200 AutoDG (Bio-Rad)
    • Fragment Analyzer (Agilent), NanoDrop ND-2000 (Thermo Fisher), DropSense16 (Trinean)
    • ABI StepOnePlus, ViiA7 et Veriti (Thermo Fisher)
  • Liste exhaustive des équipements

Perspectives

  • Mise en place d’un workflow complet pour la prise en charge des projets depuis le design expérimental jusqu’à l’analyse statistique des résultats grâce à une interaction forte avec le plateau bioinformatique de l’I2MC.

Accès

  • public / privé.

CONTACT

Plateau GeT-Santé
INSERM Rangueil – UMR 1048 (I2MC)
Bât L4, 2ème étage, pièce 245,
BP84255 31432 TOULOUSE Cedex 4
Tel: 05 61 32 56 08 ou 05 61 32 56 49
Fax: 05 61 32 56 23
get-sante@genotoul.fr

Situation géographique

Quelques indications pour venir en fonction de votre moyen de transport ici .