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SeqOccIn

 

Le projet « Sequençage Occitanie Innovation » (soit SeqOccIn) d’INRAe, porté conjointement par les plateformes GeT et Bioinfo de Genotoul, a été sélectionné dans le cadre de l’axe AP01 « Stimuler l’innovation » de l’appel à projet « Plateformes Régionales de Recherche et d’Innovation » de la région Occitanie sur le programme Opérationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020.

Objectif du projet :

Le projet SeqOccIn a pour but d’acquérir de l’expertise sur l’apport du séquençage Long Read sur molécule unique dans les trois domaines d’étude suivants :

  • Axe n° 1 : l’analyse des variations des génomes
  • Axe n° 2 : l’analyse des marques épigénétiques
  • Axe n° 3 : l’analyse des métagénomes

Actions bénéficiant d’une subvention :

  • Embauche de personnel
  • Développement, production et analyse de données
  • Achat d’équipement

Coût total éligible : 6 000 000€ dont Union Européenne: 4 800 000€, Partenaires privés: 769 650€, Fonds propres: 430 350€.

 

 

Présentation de résultats du projet SeqOccIn dans plusieurs conférences :

 

London Calling 2021 – Oxford Nanopore :

DeepSignal is a deep learning-based software that enables the training and use of models to call DNA methylation from nanopore seqeuencing reads. During this presentation, I will first introduce the basic knowledge and steps to train a DeepSignal de novo model. I will describe the input dataset, how it is extracted, and how to validate the model trained with it. Then, I will show results of using models trained following different strategies. Finally, I will conclude my presentation by introducing some limitations to our work and share our perspectives for future studies.

 

SMRT-Leiden 2021 – Young Investigator Virtual Conference  – PacBio

 

 

Le 18 avril 2019 s’est déroulée la journée d’ouverture du Projet SeqOccIn dans l’amphithéâtre Marc Ridet du centre INRAe Occitanie Toulouse.

Tous les partenaires privés et publics étaient conviés à la première journée de présentation du projet. Nous avons pu discuter ensemble des objectifs du projet et de la démarche qui va être mise en place. Ce fut également l’occasion de présenter les personnes qui seront impliquées dans les différents axes de travail.

En lien, le diaporama qui a été présenté lors de la journée : 190418_Présentation_SeqOccIn

 

 

Le 18 octobre 2019, les acteurs du projet se sont retrouvés pour faire un point d’étape sur l’avancée du projet.

Voici quelques résultats présentés :

  • Axe 1 : 1ers résultats de comparaison d’assemblages sur les trios bovin avec les technologies Hi-C, ONT, Chromium et Illumina
  • Axe 2 : 1ers résultats pour la détection de marques épigénétiques sur PromethION
  • Axe 3 : analyse in silico en cours qui a mis en évidence 1 couple de primer prometteur pour le métabarcoding.

Photo des acteurs du projet SeqOccIn