SeqOccIn
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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SeqOccIn

 

Le projet « Sequençage Occitanie Innovation » (soit SeqOccIn) de l’INRA, porté conjointement par les plateformes GeT et Bioinfo de Genotoul, a été sélectionné dans le cadre de l’axe AP01 « Stimuler l’innovation » de l’appel à projet « Plateformes Régionales de Recherche et d’Innovation » de la région Occitanie sur le programme Opérationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020.

Objectif du projet :

Le projet SeqOccIn a pour but d’acquérir de l’expertise sur l’apport du séquençage Long Read sur molécule unique dans les trois domaines d’étude suivants :

  • Axe n° 1 : l’analyse des variations des génomes
  • Axe n° 2 : l’analyse des marques épigénétiques
  • Axe n° 3 : l’analyse des métagénomes

Actions bénéficiant d’une subvention :

  • Embauche de personnel
  • Développement, production et analyse de données
  • Achat d’équipement

Coût total éligible : 6 000 000€ dont Union Européenne: 4 800 000€, Partenaires privés: 769 650€, Fonds propres: 430 350€.

 

 

Le 18 avril 2019 s’est déroulée la journée d’ouverture du Projet SeqOccIn dans l’amphithéâtre Marc Ridet du centre Inra Occitanie Toulouse.

Tous les partenaires privés et publics étaient conviés à la première journée de présentation du projet. Nous avons pu discuter ensemble des objectifs du projet et de la démarche qui va être mise en place. Ce fut également l’occasion de présenter les personnes qui seront impliquées dans les différents axes de travail.

En lien, le diaporama qui a été présenté lors de la journée : 190418_Présentation_SeqOccIn

 

 

Le 18 octobre 2019, les acteurs du projet se sont retrouvés pour faire un point d’étape sur l’avancée du projet.

Voici quelques résultats présentés :

  • Axe 1 : 1ers résultats de comparaison d’assemblages sur les trios bovin avec les technologies Hi-C, ONT, Chromium et Illumina
  • Axe 2 : 1ers résultats pour la détection de marques épigénétiques sur PromethION
  • Axe 3 : analyse in silico en cours qui a mis en évidence 1 couple de primer prometteur pour le métabarcoding.

Photo des acteurs du projet SeqOccIn