Responsable opérationnel
- Yannick Lippi – Tél. 05 82 06 64 01 –
Description/spécificités
- Le Plateau TRiX est dédié aux études transcriptomiques (gene expression ou microRNA) sur puces à ADN Agilent et par RNA-seq. Il dispose d’une chaine d’analyse de microarrays Agilent (bioanalyzer, four d’hybridation, scanner) et a développé un service intégrant le contrôle qualité des échantillons et l’analyse statistique des résultats pour les études sur le transcriptome (expression et microRNA). La préparation des marquages des ARNs a été automatisée sur robot de distribution, ce qui permet de produire jusqu’à 96 transcriptomes en parallèle (pour microarrays d’expression et librairies RNA-seq).
Outils
- Annuaire
- Intranet (réservé aux utilisateurs)
- Système d’information
Equipement
Service
- Préparation de librairies RNA-seq pour diverses applications:
- Analyses d’expression des messagers (capture polyA)
- Analyses des petits ARNs non codants (small RNA-seq)
- Analyse en faible quantité de départ des ARN totatux (low-input stranded, mammalian)
- Analyses bioinformatiques et Biostatistiques de données RNA-seq.
- Microarrays Agilent
- Analyse sur microarray Gene Expression ou microRNA.
- Analyse des acides nucléiques et marquage des ARN automatisé (jusqu’à 96 échantillons en parallèle). Hybridation, lavages et lecture des puces Agilent. Aide à la mise en place des projets. Rapport d’analyse des données incluant une recherche des gènes différentiellement exprimés et analyses fonctionnelles (enrichissement de catégories fonctionnelles GO/KEGG parmi les clusters de gènes régulés co-exprimés.
- qPCR 384 puits
- Analyse des acides nucléiques, distribution des échantillons et réactifs à l’aide d’un automate. Analyse qPCR. Aide à la mise en place des projets.
Perspectives
- Développement des outils de NGS pour l’épigénétique et le RNAseq
Accès
- public/privé.
CONTACT
Plateau GeT-TRiX
ToxAlim UMR1331 INRAe/INP/UPS
180, chemin de Tournefeuille BP93173
31027 Toulouse Cedex 3
Fax: +33 582 06 64 01