GeT-Biopuces

Responsable opérationnel

• Marie-Ange Teste – Tél. 05 61 55 96 87 –

Description/spécificités

• La plateforme GeT-Biopuces est spécialisée dans les technologies de séquençage nouvelle génération (NGS) et dans la technologie de PCR digitale (dPCR). Elle fournit aux utilisateurs tout l’équipement et l’expertise d’une équipe multidisciplinaire (biologie, bioinformatique, statistiques et informatique) pour  mener des expériences de génomique et transcriptomique sur divers systèmes biologiques (microbiens, plantes, animaux, humains). Du fait de sa localisation sur TBI (Toulouse Biotechnology Institute) le personnel possède des compétences en microbiologie (Bactéries, levures, champignons, algues).
• Engagée dans une démarche qualité afin de satisfaire au mieux ses utilisateurs, la plateforme GeT-Biopuces est labellisée IBiSA et certifiée ISO9001 et NFX50-900. Nous assurons le suivi des projets de la réception des échantillons à l’analyse des données (contrôle qualité à chaque étape du processus) en prestation de service ou collaboration scientifique.
• Séquençage courts fragments: Miseq (Illumina) et G99 (MGI) en prestation de service ou Ready To Load (RTL)
  • Nous réalisons les librairies (sauf RTL) et le séquençage sur Miseq et G99 en métabarcoding (16S, 18S, ITS, CoI, gène d’intérêt principalement environnemental), RNAseq et DNaseq de microorganismes
• Séquençage longs fragments: MinION
  • Nous réalisons les librairies et le séquençage de petits génomes bactériens, de plasmides et fosmides ainsi que le séquençage de produis PCR en métagénomique et en biologie moléculaire
• Analyses de données bioinformatiques et statistiques
  • Nous réalisons les analyses suite à une prestation mais nous proposons également l’analyse de vos données même si elles ne sont pas issues d’un projet de notre plateforme. Ce peut être des données RNAseq, métabarcoding, DNAseq, assemblage et annotation automatique de petits génomes, analyse de données single cell
• PCR digitale en prestation de service ou Ready To Load (RTL)
  • Nous vous conseillons sur la mise en place du plan expérimental (détection d’événements rares, expression de gènes, analyse CNV), réalisons les expériences et l’analyse de données (hors RTL)
• Déroulement-type d’une prestation
  • Discussion du projet entre le client et les membres de la plateforme
  • Établissement et envoi d’un devis par la plateforme
  • Après acceptation du devis, renvoi du devis, du bon de commande et de la fiche prestation signés par le client
  • Réception des échantillons et contrôle qualité
  • Séquençage  (préparation des librairies et run) ou dPCR (préparation des mix et nanoplate, run)
  • Acquisition des données et contrôle qualité
  • Analyse des données (bioinformatique et statistique)
  • Envoi des données- rendu des résultats

Outils

• Site web pour la réservation d’équipements (réservé aux utilisateurs)

Equipement

• Matériel phare :
  • Contrôle qualité : Nanodrop, Bioanalyzer, SPECTROstar Nano, Qubit.
  • Séquençage : MiSeq, G99
  • PCR digitale: Qiacuity one 5-plex
• Liste exhaustive des équipements

Perspectives

• RNA seq long fragment procaryote
• Quantification microorganismes par dPCR

Accès

• public/privé.
• Projets petit et moyen débit sur toutes espèces en routine.
• Projets haut débit en association avec les autres sites de GeT

Qualité

• Certification ISO 9001 depuis Mai 2010 et NFX50-900 depuis mai 2016.

CONTACT

Plateforme Biopuces
Institut National des Sciences Appliquées
Bât 39 – Bio5
135 Avenue de Rangueil
31077 Toulouse Cedex 04