Au revoir nG6, bienvenue NGL-Bi
Début 2025, une page s’est tournée avec la mise en production de NGL-Bi pour la mise à disposition de vos données NGS, en remplacement de NG6, après 15 ans de loyaux services.
NGL-Bi est une brique de la suite logicielle NGL, développée par le CEA d’Evry (Genoscope, CNRGH), qui permet de mettre à votre disposition les contrôles qualité sur les séquences produites, un fichier de métadonnées « Experiment », ainsi que le moyen de télécharger vos données.
Cette mise en place fait suite à l’installation de NGL-Sq que nous utilisons en interne depuis quelques années pour la traçabilité des expériences de séquençage, nous permettant une meilleure gestion des métadonnées et une automatisation plus poussée du lancement des contrôles qualité, qui sont dorénavant réalisés à l’aide de pipelines nextflow.
Le fichier de métadonnées vous permettra de faciliter la soumission de vos données sur les entrepôts internationaux. D’ici la fin 2025, nous devrions pouvoir proposer un service de soumission des données pour les projets de partenariat.
En attendant, NGL-Bi est à prendre en main…les contrôles qualité vous seront délivrés sous la forme d’un fichier html dynamique
- MultiQC pour les données Illumina, Element BioSciences(site web, exemple de fichier produit, page d’aide produite par le CATI INRAE Bios4Biol INRAE)
- TouligQC pour les données Nanopore (site web , exemple de fichier produit)
Les moyens de récupérer vos données, les contrôles qualité et le fichier de métadonnées seront communiqués par email à toutes les personnes liées au projet dans notre système d’information, dès validation de vos données. Vous pourrez aussi accéder à ces informations en vous connectant à la page https://ngl-bi.genomique.genotoul.fr/ (avec les mêmes identifiants que ceux de NG6).
Si vous souhaitez réinitialiser votre mot de passe, vous pouvez vous rendre sur la page https://genomique.genotoul.fr/e-SIToul-ResetPassword/mail.
Toutes les données produites sur la plateforme GeT à partir du 01/01/2025 seront donc mises à disposition depuis NGL-Bi. L’accès à NG6 sera maintenu jusqu’au 31/12/2026 pour que vous continuiez d’accéder à vos données encore disponibles ainsi qu’aux contrôles qualité associés.
Avec la mise en place de NGL-Bi, il existe un changement notable dans notre politique de durée de stockage : toutes les données seront stockées sans exception durant 3 mois. Il convient donc de prévoir un espace pour stocker vos données dès le montage de votre projet.
Pour les projets actuels avec des données dans NG6, voici comment nous allons les gérer
- si votre projet est de type partenariat avec la plateforme GeT-PlaGe (engagement de stockage sur 2 ans après production des données) ou s’il existe déjà un contrat avec la plateforme bioinformatique pour étendre la durée de stockage sur NG6
- S’il n’est pas prévu de produire de nouvelles données sur la plateforme GeT : les données peuvent rester sur NG6. Elles seront supprimées à échéance du contrat après envoi d’un mail de rappel
- S’il est prévu de produire de nouvelles données sur la plateforme GeT : nous vous contacterons en direct pour vous accompagner. Après discussion avec la plateforme bioinformatique, un espace projet vous sera créé pour y déplacer vos données actuelles de NG6 (copie sous notre responsabilité) et pour que vous puissiez y déplacer les données qui seront produites à partir du 01/01/2025. Contact :
- pour tout autre projet
- les données seront supprimées 3 mois après leur mise à disposition, que ce soit sur NG6 ou sur NGL-Bi
Plus d’informations dans la FAQ.