Installation du séquenceur PacBio RSII sur GeT-PlaGe
La plateforme GeT-PlaGe a finalisé l’installation d’un séquenceur PacBio RSII de Pacific Biosciences. Cet outil de séquençage de molécules uniques en temps réel, vient compléter les technologies HISEQ , MISEQ, Proton et PGM déjà présentes sur la plateforme GeT de Toulouse.
L’intérêt du PacBio réside dans la possibilité de séquencer de longues molécules d’ADN, de plus de 15kb. Outre la longueur des séquences, la chimie du PacBio permet aussi le séquençage de régions riches en GC ou de régions répétées difficiles à séquencer avec les technologies classiques de séquençage de petits fragments. Elle est totalement adaptée pour :
- Améliorer les assemblages ou réaliser des analyses de génomes de novo
- Caractériser des variations génétiques
- Réaliser des analyses de méthylation
- Séquencer des cDNA pleine longueur
Cette installation a été rendue possible par la mobilisation de l’équipe tournesol et de l’équipe bioinformatique du LIPM, de la plateforme Bioinformatique de Genotoul, de l’équipe informatique de centre, du data center de l’INRA, du CNRGV, ainsi que de la présidence et des services d’appui du centre. Elle s’inscrit dans la dynamique du programme infrastructure d’avenir France Génomique.
Pour ce projet, la plateforme s’appuie sur un partenariat étroit avec l’équipe tournesol du centre de Toulouse dans le cadre du Programme Investissement d’Avenir SUNRISE qui utilisera une partie importante des capacités de la machine jusqu’en septembre 2015. Les premières données seront générées en ce tout début avril.
Nous devrions pouvoir prendre en charge certains projets (dans un premier temps de taille limitée) à partir de Juin 2015. En attendant la mise en place du portail de soumission de projets PacBio sur le site de France Génomique, si vous envisagez de soumettre un projet, vous pouvez manifester votre intérêt par mail.
Plus d’informations disponibles :
- sur le site du constructeur : http://files.pacb.com/pdf/PacBio_RS_II_Brochure.pdf
- sur la page PacBio du site GeT