Séquençage du SARS-CoV-2 en Occitanie
Face à l’évolution de la situation sanitaire liée à l’épidémie de la Covid-19, le service de Virologie du CHU de Toulouse, le laboratoire IHAP de l’école vétérinaire et la plateforme GeT-PlaGe ont uni leurs forces afin de proposer un suivi épidémiologique en Occitanie. L’unité GeT-PlaGe a réalisé en ce début d’année plus de 5000 séquençages.
Concrètement, le CHU de Toulouse réalise la collecte des échantillons nasopharyngés, effectue le diagnostic moléculaire de l’infection par Q-PCR et extrait les acides nucléiques.
Ceux-ci sont ensuite adressés (environ 750 échantillons par semaine) au laboratoire GeT-PlaGe. Les étapes de pré-PCR sont réalisées sur roboto pipeteur.
Les étapes suivantes sont semi-automatisées. 
Les séquençages sont réalisés sur séquenceur Novaseq 6000 d’Illumina. 
GeT-PlaGe a développé des pipelines pour pré-traiter les données et valider leur qualité sur l’infrastructure de la plateforme Bioinformatique.
Les séquences sont ensuite transférées sur l’infrastructure BaseSpace d’Illumina avant d’être analysées avec le pipeline Dragen COVID Lineage.
Le CHU accède à ces résultats, valide les variants détectés et réalise le suivi épidémiologique en collaboration étroite avec Santé Publique France et l’Agence Régionale de la Santé d’Occitanie.
En savoir plus :
Lien des publications :
- C. Dimeglio, M. Miedougé, JM. Loubes , JM. Mansuy , J. Izopet. Estimating the impact of public health strategies on the spread of SARS–CoV-2: Epidemiological modelling for Toulouse, France. Rev Med Virol 2021:e2224.
- C. Dimeglio, M. Milhes, JM. Loubes, N. Ranger, JM. Mansuy, P. Trémeaux, N. Jeanne, J. Latour, F. Nicot, C. Donnadieu, J. Izopet. Influence of SARS–CoV-2 variant B.1.1.7, vaccination and public health measures on the spread of SARS–CoV-2. Viruses (sous presse).
- C. Dimeglio, F. Nicot, M. Miedougé, JL. Chappert, C. Donnadieu, J. Izopet. Influence of age on the spread of SARS–CoV-2 variant B.1.1.7. J Clin Virol 2021;13(5):898.
Le communiqué de presse INRAE