Le GridION a profité de l’été pour faire son apparition sur la plateforme. Cet outil qui permet de lancer cinq flowcells en parallèle est aujourd’hui validé en terme de spécifications. Pour le plaisir, un petit film d'Oxford Nanopore Technologies (ONT) où GeT a son rôle : https://twitter.com/nanopore/status/898167680645165056 La...
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GeT vient d'élargir son offre en terme de quantification d'évènements rares grâce à l'acquisition de la Droplet Digital PCR (ddPCR) : le QX200 AutoDG de Bio-Rad. Le système comprend le générateur de gouttelettes AutoDG (Automated Droplet Generator) et le lecteur (Droplet Reader). La validation est en cours...
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La plateforme Get-PlaGe recrute : Un ingénieur d'étude biologiste - séquençage long reads ( Oxford Nanopore) - PlaGeIE01-2017 Un assistant ingénieur biologiste - séquençage short reads ( Ilumina MiSeq) - PlaGeAI02-2017 Un ingénieur d'étude bioinformatique - gestion données brutes des séquenceurs NGS - PlaGeIE02-2017 Les candidatures...
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La plateforme GeT présente, à JOBIM 2017 à Lille, un poster sur les dernières analyses de comparaison de données Long Reads pour l'assemblage de novo de différents génomes (bactérie, champignon, tomate et poisson). Résumé : Thanks to its experience on short reads sequencing using the Illumina technologies,...
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Le 21 juin à 16H, salle de séminaire du pôle FR AIB. Deanna Church (Ph.D., Senior Director of Applications à 10x Genomics, présentera l’intérêt de la technologie Chromium, mise en place par la plateforme pour vos projets d’analyse de variants, de phasing et de la caractérisation...
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Un poste d'ingénieur d'études est ouvert au concours interne INRA sur GeT-PlaGe. Extrait du profil de poste : L'Ingénieur(e) recruté(e) assurera l'interface avec les équipes de recherche du département GA, il(elle) participera au conseil aux équipes en lien avec les autres ingénieurs de la plateforme, aux développements...
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GeT a été invitée à présenter son retour d'expérience sur le séquençage de longs fragments à l'événement London Calling 2017 d'Oxford Nanopore Technologies. Résumé : In addition to sequencing of short fragments on Illumina sequencers, GeT platform wished to propose sequencing of long fragments. The main reason...
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Summary of our poster at ONT London Calling 2017, by Catherine Zanchetta et al. EVALUATION OF BASIC PARAMETERS For complex genome assembly, if a shearing and a size selection are performed on long fragments, very long reads can be obtained (40 kb shearing ? N50 =...
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Les candidatures sont à envoyer avant le 15/02/2017 à get-plage.rh@genotoul.fr. Les profils sont disponibles ci-dessous, mais vous trouverez les activités essentielles pour ce poste Participer à la réalisation technique de projets de génotypage : d’analyse d’expression en nanovolume sur le BioMark de chez Fluidigm : accueil des clients, conseils et discussions techniques...
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Cette machine permet de générer des long reads à partir de données générées en Illumina. Le Chromium controller de 10X Genomics est arrivé à GeT-PlaGe! Cette nouvelle technologie devrait nous permettre de faire des assemblages de short-reads Illumina via un système de barcoding unique, rendant accessibles...
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