Ion Torrent – PGM
MODES D’ACCÈS
- GeT-Purpan (annuaire) :
- nous contacter
APPLICATION
- Séquençage ciblé d’amplicons (Ion Panels, Custom Panels, liste des génomes disponibles pour vos designs sur www.ampliseq.com)
- Séquençage de petits génomes
- Séquençage 16S (métagénomique)
CARACTÉRISTIQUES
- Utilisation de la chimie Hi-Q
- Réalisation de la PCR en émulsion avec le module One Touch 2 et enrichissement sur module ES
- 2 longueurs de lecture possibles (single read) :
- 200 bases (lecture jusqu’à 275 bases max.)
- 400 bases (lecture jusqu’à 400 bases max.)
- 3 formats puces possibles :
- 314 : ~450 000 reads
- 316 : ~2.5 millions reads
- 318 : ~5 millions reads
- Possibilité de multiplexage (jusqu’à 96 index pour l’ADN et 16 index pour l’ARN)
- Durée d’un run : 2h30 à 7h30 selon la longueur de lecture et la puce
- Rendement : de 30 Mb à 2 Gb selon la puce, la longueur de lecture et l’application
- Résultats disponibles sous format fastq, ubam ou bam + bai en fonction des applications
- Possibilité de générer les .vcf et de transférer vers Ion Reporter
MAINTENANCES
- GeT-Purpan:
- Machine sous contrat de maintenance
- Maintenance ordinaire assurée par le personnel plateforme
- Maintenance annuelle assurée par le fournisseur
LOGICIELS
- Traitement des données brutes et analyse qualité primaire réalisée par le plateau : Torrent Suite Software
- Pour l’analyse secondaire, un compte peut être créé gratuitement sur l’interface Ion Reporter
INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES
- Durée de conservation des données : 2 ans
