Les sites GeT-Biopuces et GeT-TRiX, disposent de 3 ingénieurs bioinformaticiens/biostatisticiens qui travaillent en étroite collaboration avec la plateforme Bioinformatique et la plateforme biostatistique de Toulouse (genotoul) pour la réalisation d’analyses de données. Ils sont impliqués dès le début dans le montage des projets scientifiques, l’aide à la définition du design expérimental, la génération des données et l’analyse de tout type de données transcriptomiques (RNA-seq et microarray). L’analyse bio-informatique inclut le contrôle qualité des données brutes, l’alignement sur génome de référence et obtention de la table d’abondance. L’analyse biostatistique inclut des contrôles de la qualité des données brutes, le filtrage et normalisation des données avant analyses différentielles pour la comparaison de groupes expérimentaux et des analyses exploratoires multidimensionnelles. Des analyses d’enrichissement de catégories fonctionnelles peuvent également être proposées selon la disponibilité d’annotations fonctionnelles pour l’organisme étudié.
GeT-Biopuces peut être impliquée dans le montage de projets scientifiques nécessitant l’assemblage de novo (RNA-seq ou DNA-seq), la recherche de variants, les analyses de métagénomique ciblée ainsi que les analyses en cellule uniques (single cell RNA-seq).
GeT-PlaGe propose d’accompagner les équipes de recherche avec l’assemblage de petits génomes à partir de lectures longues, de la définition du projet au rendu du résultat (assemblage et métriques sur la qualité de l’assemblage). GeT-PlaGe met aussi à disposition de ses utilisateurs un parc d’ordinateurs disposant des logiciels permettant d’analyser les données qui sont produites sur ses appareils (hors NGS). Les logiciels permettant l’analyse des données NGS sont disponibles sur l’infrastructure de la plateforme bioinformatique.