GeT | Analyses
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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Analyses

Les sites GeT-Biopuces et GeT-Trix, disposent de 2 ingénieurs qui travaillent en étroite collaboration avec la plateforme biostatistique de Toulouse. Ils sont impliqués dès le début dans le montage des projets scientifiques impliquant la génération et l’analyse de tout type de données issues des microarrays. Ils rédigent des rapports d’analyse biostatistique incluant des contrôles de la qualité des données, des comparaisons de groupes expérimentaux et des analyses exploratoires multidimensionnelles.
GeT-Biopuces peut être impliquée dans le montage de projets scientifiques impliquant l’analyse de données issues d’études de séquençage. La plateforme GeT-Biopuces propose un service d’analyses bio-informatiques (en collaboration avec la plateforme Bioinformatique de Toulouse) de qualité des données, de mapping de données RNA-seq avec génome de référence, d’assemblage (RNA-seq de novo, DNA-seq de novo), de recherche de variant…

GeT-PlaGe propose d’accompagner les équipes de recherche avec l’assemblage de petits génomes à partir de lectures longues, de la définition du projet au rendu du résultat (assemblage et métriques sur la qualité de l’assemblage). GeT-PlaGe met aussi à disposition de ses utilisateurs un parc d’ordinateurs disposant des logiciels permettant d’analyser les données qui sont produites sur ses appareils (hors NGS). Les logiciels permettant l’analyse des données NGS sont disponibles sur l’infrastructure de la plateforme bioinformatique.