GeT | Valorisation 2018
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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Valorisation 2018

Notre participation à la production scientifique

Projets en collaboration

  • PigLetBiota (2014-2019): Une étude de biologie intégrative de l’influence du microbiote intestinal sur la robustesse des porcelets
  • Treasure (2015-2019- H2020): Treatment and Sustainable Reuse of Effluents in semiarid climates
  • Feed-A-Gene (2015-2020 – H2020) : projet européen pour améliorer l’efficacité alimentaire des monogastriques
  • SELGEN – GenSSeq: développement et la mise en œuvre des méthodes à haut débit permettant d’estimer la valeur génétique des animaux et végétaux
  • Agri-Métatranscriptomique – diversité: Nouvelles perspectives dans l’étude des communautés microbiennes complexes
  • HeliOr (2015-2018) : Séquençage du Génome de l’Orobanche et 2ème génotype Tournesol dans le cadre de SUNRISE
  • Meta-Pac (2015-2018): Mise au point des analyses de Metagénomique long read
  • EUCLEG_URP3F (2017-) Européen : Breeding forage and grain legumes to increase EU’s and China’s protein self-sufficiency
  • STURGEoNOMICS COFASP (2017 – ): Genome-based approaches for improvement of aquaculture in two marine sturgeon species: Atlantic sturgeon and Beluga
  • Sex’nPerch FEAMP (2017-) CRB Anim: Genome sequencing of the European Perch, Perca fluviatilis, to improve sex-control for a better management of the perch’s CRB-Anim genetic resources
  • GenoFish ANR (2017 – ): Evolution of genes and genomes after whole genome duplication
  • Genesea FEAMP (2017- ): Développement et validation d’une procédure de sélection génomique chez le bar et la daurade pour améliorer la résistance à des pathologies
  • DG-PHYTOM CASDAR (2017- ): Spectre d’action et déterminisme génétique de la résistance à Phytophthora infestant chez 12 tomates sauvages pour construire des résistances durables au mildiou

Publications

Niacin induces miR-502-3p expression which impairs insulin sensitivity in human adipocytes.
Montastier E, Beuzelin D, Martins F, Mir L, Marqués MA, Thalamas C, Iacovoni J, Langin D, Viguerie N.
Int J Obes (Lond). 2018 Nov 27. doi: 10.1038/s41366-018-0260-5.

One complete and three draft genome sequences of four Brochothrix thermosphacta strains, CD 337, TAP 175, BSAS1 3 and EBP 3070.
Nassima Illikoud, Christophe Klopp, Alain Roulet, Olivier Bouchez, Nathalie Marsaud, Emmanuel Jaffrès and Monique Zagorec.
Standards in Genomic Sciences (2018) 13:22. https://doi.org/10.1186/s40793-018-0333-z

MiR-497 suppresses cycle progression through an axis involving CDK6 in ALK-positive cells.
Hoareau-Aveilla C, Quelen C, Congras A, Caillet N, Labourdette D, Dozier C, Brousset P, Lamant L, Meggetto F.
Haematologica. (2018) Sep 27. pii: haematol.2018.195131. doi: 10.3324/haematol.2018.195131

One-step generation of multiple gene knock-outs in the diatom Phaeodactylum tricornutum by DNA-free genome editing.
Manuel Serif, Gwendoline Dubois, Anne-Laure Finoux, Marie-Ange Teste, Denis Jallet & Fayza Daboussi
Nature communications (2018) 9:3924 doi:10.1038/s41467-018-06378-9

Dynamic transcriptomic analysis of Ischemic Injury in a Porcine Pre-Clinical Model mimicking Donors Deceased after Circulatory Death.
Sebastien Giraud, Clara Steichen, Geraldine Allain, Pierre Couturier, Delphine Labourdette, Sophie Lamarre, Virginie Ameteau, Solenne Tillet, Patrick Hannaert, Raphael Thuillier & Thierry Hauet.
Scientific Reports (2018) 8:5986  doi:10.1038/s41598-018-24282-6

Optimization of an RNA-Seq Differential Gene Expression Analysis Depending on Biological Replicate Number and Library Size
Sophie Lamarre, Pierre Frasse, Mohamed Zouine, Delphine Labourdette, Elise Sainderichin, Guojian Hu, Véronique Le Berre-Anton, Mondher Bouzayen and Elie Maza.
Front. Plant Sci.(2018) 9:108.doi: 10.3389/fpls.2018.00108

Caloric Restriction and Diet-Induced Weight Loss Do Not Induce Browning of Human Subcutaneous White Adipose Tissue in Women and Men with Obesity.
Barquissau V, Léger B, Beuzelin D, Martins F, Amri EZ, Pisani DF, Saris WHM, Astrup A, Maoret JJ, Iacovoni J, Déjean S, Moro C, Viguerie N, Langin D.
Cell Rep. 2018 Jan 23;22(4):1079-1089. doi: 10.1016/j.celrep.2017.12.102. Epub 2018 Jan 28.

Draft genome and reference transcriptomic resources for the urticating pine defoliator Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera: Notodontidae)
B. Gschloessl, F. Dorkeld, H. Berges, G. Beydon, O. Bouchez, M. Branco, A. Bretaudeau, C. Burban, E. Dubois, P. Gauthier, E. Lhuillier, J. Nichols, S. Nidelet, S. Rocha, L. Saune, R. Streiff, M. Gautier, C. Kerdelhue
Molecular Ecology Resources (2018) doi: 10.1111/1755-0998.12756

A conserved mechanism drives partition complex assembly on bacterial chromosomes and plasmids
Roxanne E Debaugny, Aurore Sanchez, Jérôme Rech, Delphine Labourdette, Jérôme Dorignac, Frédéric Geniet, John Palmeri, Andrea Parmeggiani, François Boudsocq, Véronique Anton Leberre, Jean-Charles Walter & Jean-Yves Bouet
Molecular Systems Biology 14: e8516(2018) DOI 10.15252/msb.20188516

Posters/Présentations

Journées Recherche Industrie: 30 & 31 mai 2018 Nathalie Marsaud How to analyze bacteria genome and transcriptome with high troughput technologies?