Soutiens

Le projet SeqOccIn d’INRAe a été sélectionné dans le cadre de l’axe AP01 « Stimuler l’innovation » de l’appel à projet « Plateformes Régionales de Recherche et d’Innovation » de la région Occitanie sur le Programme Opérationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020.

Objectifs du projet :

Le projet Séquençage Occitanie Innovation (SeqOccIn) a pour but d’acquérir de l’expertise sur l’apport du séquençage Long Read sur molécule unique dans les trois domaines d’étude suivants :

• Axe n° 1 : l’analyse des variations des génomes
• Axe n° 2 : l’analyse des marques épigénétiques
• Axe n° 3 : l’analyse des métagénomes

Coût total éligible : 6 000 000€ dont Union Européenne: 4 800 000€, Partenaires privés: 769 650€, Fonds propres: 430 350€.

Actions bénéficiant d’une subvention :

• Embauche de personnel
• Développement, production et analyse de données
• Achat d’équipement

Le projet GeT-PACBIO de l’INRA a été sélectionné dans le cadre de l’Axe 1, Objectif Spécifique 1, Action 1 : « Programmes de R&D en collaboration entre   entreprises et structures de recherche mutualisées » du Programme Opérationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020.

Objectifs du projet :

• Acquérir la technologie PACBIO et l’expertise associée
• Assembler, Annoter le génome du Tournesol (SUNRISE) et identifier ses variations structurales
• Assembler le génome de l’orobanche (Sofiprotéol) et création d’un réseau collaboratif
• Développer la préparation des échantillons, le séquençage et l’analyse méta-génomique 16S pleine longueur (Libragène)

Coût total éligible : 1 322 515€ dont 472 460 € de l’union Européenne et 472 460€ de la Région Occitanie.

Actions bénéficiant d’une subvention :

• Achat d’un séquenceur PACBIO RSII
• Achat des périphériques Blue Pippin, Megaruptor et Femto pulse nécessaires en amont du PACBIO RSII
• Recrutement de 2 biologistes en CDD pendant 2 ans

Objectifs du projet :

Créée en 2012 grâce à une subvention gouvernementale du programme « Investissements d’Avenir », l’infrastructure France Génomique (FG) offre à la communauté française des sciences de la vie l’accès à un réseau intégré des meilleures plates-formes de séquençage et/ou bioinformatiques, opérationnelles depuis de nombreuses années et ayant développé une expertise technologique et des applications complémentaires en génomique.
Les missions de l’infrastructure FG sont d’apporter à la communauté scientifique française (publique et privée) :

• Une expertise de pointe en génomique et bioinformatiques associées, qui sont cruciales pour rester en phase avec l’évolution technologique très rapide.
• Des services à des prix compétitifs en génomique et bioinformatique : la proximité entre l’utilisateur et une infrastructure  » experte  » garantit une exploitation scientifique optimale des données.
• L’opportunité d’entreprendre des projets ambitieux de haute valeur ajoutée scientifique et de forte visibilité internationale, à travers l’expertise et les capacités offertes par l’infrastructure.

Ainsi, France Génomique vise à garantir à la France un haut niveau de compétitivité et d’indépendance dans le domaine des technologies de production et d’analyse de données génomiques, à une époque où il n’a jamais été aussi stratégique pour tous les domaines de recherche en sciences de la vie.
La gouvernance unifiée de FG, ainsi que le partage d’équipements et d’expertise, permet de constituer la masse critique pour rester à la pointe du progrès international et répondre aux besoins croissants de la génomique en termes de génération, de traitement et de stockage des données, ainsi que de développement d’outils innovants.

Coût total éligible : 2 314 854€ de l’ANR/CEA.

Actions bénéficiant d’une subvention :

• Achat d’un séquenceur HiSeq3000 d’Illumina
• Achat d’un séquenceur PromethIon d’Oxford Nanopore Technologies
• Recrutement de 2 ingénieurs biologistes et bioinformatique en CDD
• Participation au fonctionnement

Objectifs du projet :

Soutien à l’acquisition d’équipements structurants pour les plateformes mutualisées de recherche de Midi-Pyrénées.

Coût total éligible : 1 306 000€ dont 298 280€ + 198 000€ du FEDER et 809 720€ de la région Midi-Pyrénées (Occitanie).

Actions bénéficiant d’une subvention :

• Achat d’un C1
• Achat de trois robots pipeteur EVO 150 de Tecan
• Mise à jour d’un robot pipeteur EVO 200 de Tecan
• Achat d’un séquenceur MiSeq d’Illumina
• Achat d’un séquenceur HiSeq 1T d’Illumina (en reprise d’un HiSeq 2500, puis remplacé par un HiSeq 3000)
• Achat d’un séquenceur PGM (Site GeT-Purpan) de ThermoFisher
• Achat d’un appareil de PCR quantitative Quant Studio de ThermoFisher
• Achat d’un Access Array de Fluidigm
• Recrutement de 2 ingénieurs biologistes en CDD pendant 2 ans

Objectifs du projet :

Coût total éligible : 900 000€ dont 300 000€ de l’INRA, 300 000€ de la Région Midi-Pyrénées (Occitanie)  et 300 000€ de Toulouse Métropole.

Actions bénéficiant d’une subvention :

• Achat d’un séquenceur Chromium de 10X Genomics
• Achat d’un séquenceur GridIon d’Oxford Nanopore Technologies
• Achat d’un séquenceur NovaSeq6000 d’Illumina

Objectifs du projet :

Le projet vise au maintien et à l’amélioration du service proposé par les deux plates-formes de la Génopole de Toulouse Midi-Pyrénées Séquençage et Génotypage (CRGS) d’une part et de bio-informatique d’autre part. Créées en 2000, et labellisées IBiSA (réseau inter organismes), ces deux  plateformes fournissent les outils collectifs indispensables à tous les laboratoires de recherche publics et privés impliqués dans les programmes régionaux de production et d’analyse génomiques à grande échelle.

Dans un contexte de production à très haut débit, l’accumulation rapide des données de séquences et de polymorphisme d’un nombre croissant de génomes – génomes de microorganismes (levures, bactéries) mais aussi génomes des organismes supérieurs (mammifères, poissons, insectes, plantes) – a renouvelé profondément les approches de la biologie et les perspectives des biotechnologies. Pour mettre ces données et les outils correspondant à disposition des équipes académiques et industrielles, il est nécessaire d’organiser une concentration locale de moyens humains (chercheurs, ingénieurs et formateurs en bioinformatique) et matériels (calculateurs, équipements de stockage, réseaux à haut débit), en assurant une interconnexion étroite entre chercheurs en biologie, ingénieurs informaticiens et chercheurs en bioinformatique.

Dans ce but les plateformes  du CRGS et de la bioinformatique de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées ont été mises en place en 2000 sur le centre INRA. Aujourd’hui, le défi scientifique que ces deux plateformes proposent de relever est de permettre l’accès aux nouvelles technologies dans le domaine du séquençage et du génotypage à moyen et haut débit, et de mettre en place les outils informatiques permettant l’analyse à grande échelle des données produites.

Coût total éligible : 2 976  000€ dont 1 597 000€ du FEDER, 510 000€ de la Région Midi-Pyrénées (Occitanie) , 418 000€ de Toulouse Métropole, 376 000€ du Ministère de la recherche, 75 000€ du SICOVAL.

Actions bénéficiant d’une subvention :

• Achat d’une infrastructure de calcul et stockage (Plateforme Bioinformatique)
• Achat d’un QPIX (CNRGV)
• Achat d’un séquenceur HiSeq 2000 d’Illumina
• Achat d’un séquenceur MiSeq d’Illumina
• Achat d’un pyroséqurenceur Pyromark
• Achat d’un sonicateur Covaris
• Achat d’un Fragment Analyzer

Objectifs du projet :

Complément de fincement du CPER 2007-2013

Coût total éligible : 125 000€.

Actions bénéficiant d’une subvention :

• Participation à l’achat d’un séquenceur HiSeq 2500 et d’un appareil de clusterisation c-Bot d’Illumina

Objectifs du projet :

Coût total éligible : 347 713€.

Actions bénéficiant d’une subvention :

• Achat de périphériques 454 (coulter counter Z1)
• Achat d’un BioAnalyzer
• Achat d’un nanodrop 8000
• Recrutement d’un biologiste et d’un bioinformaticien en CDD pendant 2 ans