GeT | Système d’information
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
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Système d’information

e-SIToul (« Easy Tool ») est le nom du système d’information développé par GeT-PlaGe  et installé sur GeT-TQ et GeT-TRiX, permettant de mutualiser les ressources et la  base de données. Les utilisateurs ayant les mêmes identifiants et le même environnement quel que soit le site avec lequel ils travaillent.

  • e- comme électronique, notre système d’Information utilise largement le web
  • SI comme Système d’Information
  • Toul comme Toulouse

Il évolue depuis la mise en place de la première brique en 2001, avec l’aide de la plateforme Bioinformatique de GenoToul qui en assure l’hébergement. Plusieurs structures ont participé à ses évolutions :

  • Le plateau ICEO a dédié du temps pour ajouter des fonctionalités au module de traçabilité par code-barres.
  • La plateforme Génome-Transcriptome de Bordeaux a co-financé un emploi contractuel (1 an) pour apporter des améliorations au système complet.
  • Le CRB GADIE a financé un emploi contractuel (1 an) pour ajouter des fonctionalités au module de traçabilité par code-barres.

Il répond aux besoins de gestion et traçabilité de notre plateforme. Il est composé de divers modules pour apporter des solutions (cliquer sur le lien pour plus de détails) :

  • e-SIToul Admin : organisation de la plateforme
  • e-SIToul Planning : réservation des appareils en ligne
  • e-SIToul ABISeqTracker : traçabilité des données générées sur les séquenceurs capillaires AppliedBioSystems
  • e-SIToul DataTracker : traçabilité des données générées sur les appareils et suivi de l’état de fonctionnement de ces appareils
  • e-SIToul DataProcessor : traitement automatique des données précédentes après transfert sur le serveur central
  • e-SIToul DataAccess : accès aux données précédentes en ligne par les utilisateurs avec leurs identifiants e-SIToul
  • e-SIToul Barcode : traçabilité des objets par code-barres

Plus spécifiquement pour la mise à disposition des données de séquençage nouvelle génération, GeT-PlaGe co-développe, depuis 2009, avec la plateforme bioinformatique le système NG6. Une synchronisation entre e-SIToul et NG6 permet aux utilisateurs de bénéficier des mêmes identifiants et d’y retrouver leurs projets.

La plateforme bioinformatique met à disposition de GeT une infrastructure de pointe lui permettant de se centrer sur son coeur de métier. Cette infrastructure est composée de

  • Machines virtuelles hébergeant les applications web ainsi que les base de données d’e-SIToul
  • Un espace de stockage sur son NAS pour les données e-SIToul et NG6
  • Un cluster de calcul permettant le traitement des données de séquençage nouvelle génération permettant d’en évaluer la qualité avant remise aux équipes de recherche

e-SIToul Admin

e-SIToul Aadmin

e-SIToul Admin

e-SIToul Admin est une application lourde accessible uniquement aux administrateurs du système d’information. Elle permet :

  • d’identifier les laboratoires qui utilisent les ressources de la plateforme
  • d’identifier les utilisateurs de ces laboratoires
  • d’identifier les appareils mis à disposition
  • de définir les autorisations d’utilisation des appareils par les utilisateurs ainsi que les accréditations temporaires.

Depuis 2001, année de mise en place de sa première version, ont été enregistrés :

  • 360 laboratoires
  • 650 équipes de recherche
  • 1200 responsables techniques (personnes habilitées à utiliser des appareils après formation)
  • 1350 projets de recherche

e-SIToul Planning

e-SIToul Planning

e-SIToul Planning

e-SIToul Planning est une application web accessible par tous les utilisateurs de GeT. Elle permet :

  • aux utilisateurs formés sur les appareils de les réserver
  • de classer les appareils par ateliers
  • de gérer des politiques de réservation par appareil (réservation d’un appareil la semaine précédent la manipulation, interdiction de supprimer une réservation moins de 2 jours avant la manipulation…)

Depuis 2003, année de sa mise en place, 52 000 réservations d’appareils ont été effectuées par 600 personne différentes.

e-SIToul ABISeqTracker

e-SIToul ABIseqtracker

e-SIToul ABIseqtracker

e-SIToul ABISeqTracker est une application composée de 2 modules permettant d’assurer la traçabilité des données générées par les séquenceurs capillaires Applied BioSystems (3700, 3100, 3730, 3130, 3130XL) :

  • module client installé sur le PC qui pilote le séquenceur : permet de vérifier la cohérence des informations présentes dans les feuilles de route, données en entrée du logiciel de pilotage du séquenceur
  • module serveur : exécuté régulièrement de façon automatique, il se charge de récupérer les données produites par les séquenceurs (fichiers .ab1 ou .fsa), de les stocker sur le serveur et de mettre la base de données à jour. L’utilisateur peut ensuite accéder à ses données via e-SIToul DataAccess.

Depuis 2001, année de sa mise en place, plus de 950 000 échantillons ont été analysés et mis à disposition des équipes de recherche (2/3 de génotypage et 1/3 de séquençage).

e-SIToul DataTracker

e-SIToul Datatracker

e-SIToul Datatracker

e-SIToul DataTracker a été développé dans le but d’assurer la traçabilité des manipulations qui sont réalisées sur les appareils de GeT et pour suivre leur état de fonctionnement.

 

Il permet :

  • de limiter l’accès à l’appareil aux seules personnes autorisées
  • de valider, de façon optionnelle, une feuille de route avant de lancer une manipulation
  • d’identifier les fichiers créés ou modifiés pendant une manipulation et de les associer à l’utilisateur qui s’est connecté
  • de transférer automatiquement les fichiers identifiés précédemment sur le serveur sftp, dès la fin de la manipulation
  • d’appeler un service web sur le serveur pour traiter les fichiers transférés si nécessaire (e-SIToul DataProcessor)
  • de donner la possibilité à l’utilisateur de spécifier s’il estime que l’appareil a un problème (qu’il soit suspecté ou avéré)

Depuis 2005, ce sont 52 appareils qui ont été intégrés à ce système de traçabilité, permettant de tracer plus de 42 000 runs d’appareils aussi divers que des Q-PCR ou des robots pipeteurs.

e-SIToul DataProcessor

e-SIToul DataProcessor

e-SIToul DataProcessor

e-SIToul DataProcessor est un service web qui permet d’effectuer des pré et/ou post-traitements lors de manipulations tracées avec e-SIToul DataTracker. Un plugin peut être développé par machine, avec une méthode de pré-traitement et/ou de post-traitement en fonction du besoin. En fonction de la configuration de DataTracker, ce plugin sera exécuté avant la manipulation et/ou après.

Exemple d’utilisation :

  • Pré-traitement : validation d’informations contenues dans une feuille de route au format Excel
  • Post-traitement : reformatage des données de la manipulation chargées sur le serveur

e-SIToul DataAccess

e-SIToul DataAccess

e-SIToul DataAccess

e-SIToul DataAccess a été développé dans le but d’offrir aux utilisateurs un espace web sécurisé sur lequel ils peuvent accéder aux données qu’ils ont créées sur les appareils de GeT et prises en charge par les modules DataTracker et ABISeqTracker.

Les données sont classées soit par appareil, soit par projet et appareil. Il contient notamment un module de recherche.

e-SIToul Barcode

e-SIToul Barcode

e-SIToul Barcode

e-SIToul Barcode a été développé sur GeT-PlaGe dans le but d’assurer un suivi des objets qui y sont manipulés (microplaques, tubes, appareils, virtuellement tout type d’objet) à l’aide d’un système à code-barres.

Ce module a été conçu pour permettre à tout laboratoire qui le souhaite de pouvoir bénéficier en interne de ses fonctionnalités :

  • Localiser vos objets identifiés par code-barres
  • Décrire finement vos objets en créant vos propres descripteurs (e.g. : DO, volume, année de naissance, Nom d’échantillons, concentration, protocole de prélèvement….), sur lesquels vous pourrez ensuite faire des recherches
  • Créer des liens de filiation entre vos codes-barres pour retrouver l’ensemble d’une famille (e.g. : de l’être vivant à l’échantillon d’ADN  – plante > tissu prélevé > ADN extrait > aliquot d’ADN) en créant vos propres opérations (e.g. : aliquotage, pooling, reproduction, dispatching…)

A l’heure actuelle, 18 laboratoires publics français (carte des installations) tracent leurs échantillons par code-barres grâce à ce système, et depuis 2005, année des premiers développements, ce sont plus d’1 million de codes-barres qui ont été créés ….sans que le laboratoire utilisateur n’ait à installer de logiciel, ni s’occuper des sauvegardes des données et tout en bénéficiant des mises à jour régulières.

Une présentation conjointe avec Katia Fève de l’unité de recherche INRA GenPhySE montre plus en détail cet outil ainsi qu’un exemple concret d’utilisation.