GeT | SERVICES
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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SERVICES

Applications proposées

Génomique

  • Séquençage de génome
    • Séquençage tout génome, petits fragments
    • Séquençage ciblé, petits fragments
    • Séquençage exome, petits fragments
    • Séquençage tout génome, grands fragments
  • Epigénétique
    • Séquençage tout génome bisulfite, petits fragments
    • ChIP-Seq
    • MedIP-Seq
  • Métagénomique
    • Séquençage tout métagénome
    • 16S barcoding
  • Génotypage
    • Génotypage par séquençage
    • RAD-Seq
    • Capture (exome, personnalisé)
    • Séquençage d’amplicons
    • Puces CGH
    • Ciblé
      • KASPAR
      • SNP
      • CNV
      • fragments

Transcriptomique

  • Expression de gènes
    • PCR quantitative
    • Microarray
    • Séquençage d’ARN
  • Petits ARN
    • PCR quantitative
    • Microarray
    • Séquençage de petits ARN

Cellule unique

  • Séquençage tout génome / exome / ciblé
  • Séquençage ARN et microARN
  • PCR quantitative

Pour la réalisation de vos projets, plusieurs modes d'accès sont possibles

Accès en collaboration ou partenariat

La plateforme participe aux projets de recherche en tant que collaborateur pour la production de données sur des applications maitrisées ainsi que pour le développement de nouvelles applications, technologies ou même nouveaux outils. Elle propose aussi de réaliser certaines analyses bioinformatiques liées aux données NGS ou microarray produites sur ses sites.
Pour aller au delà, les équipes peuvent aussi solliciter la plateforme bioinformatique de Genotoul.

Accès pour les entreprises

GeT a développé un certain nombre de partenariats R&D avec des entreprises. En complément de cette possibilité qui est maintenue pour des développements de portée générale, la plateforme GeT se dote d’une Business Unit afin de mieux répondre aux attentes spécifiques des acteurs socio-économiques en matière de génomique. La Business Unit pourra, à votre demande, prendre en charge l’ensemble du processus, de l’extraction des acides nucléiques jusqu’au rendu de résultats finaux après analyses bio-informatiques et bio-statistiques. Elle propose ainsi une offre de prestations de service complet permettant de répondre aux demandes des entreprises des secteurs de l’environnement, agricole, animal, santé, pharma/cosmétique, biotechnologie et agro-alimentaire.

Accès accompagné

La plateforme propose son expertise technologique pour permettre aux équipes ayant un besoin ponctuel d’un appareil ou devant utiliser un appareil pour lequel une formation n’est pas envisageable, de bénéficier des compétences présentes.

Chaque projet est discuté et formalisé, puis planifié et réalisé en fonction des disponibilités du personnel plateforme.

Cas particulier : Le Séquençage Sanger Commun

GeT-Purpan et GeT-PlaGe organisent des runs communs de séquençage Sanger. Ce service propose de réaliser, à la place des utilisateurs, la purification et la migration des produits de séquence.

Accès en autonomie

Les laboratoires qui souhaitent mener des programmes de génomique/transcriptomique peuvent nommer une ou plusieurs personnes dites « responsables techniques ». Ces responsables techniques doivent suivre une formation spécifique sur chacun des appareils qu’ils souhaitent utiliser. Des sessions de formation sont régulièrement organisées sur les différentes machines ou applications, certaines sont accessibles à l’ensemble de la collectivité. La liste des équipements accessibles en autonomie se trouvent sur la page Equipements en accès autonome.

Les responsables techniques accèdent, par la suite, de manière autonome au matériel qu’ils auront réservé via une application web dédiée.

Formations et animation technologique

GeT participe activement à la formationet l’animation technologique, via

  • des interventions dans des cursus de formations initiale et continue
  • l’accueil des personnels des équipes de recherche lors de réalisation de manipulations
  • l’accueil de nombreuses personnes (écoliers/étudiants/professionels…) pour visiter la plateforme
  • l’organisation de séminaires techniques présentant l’organisation et les différentes étapes de la réalisation de projets en cours sur la plateforme, où les équipes de recherche viennent présenter leur expérience
  • la co-organisation de séminaires plus technologiques avec les fournisseurs

Les annonces de séminaires sont faites sur ce site web par le biais des actualités et par la liste d’informations à laquelle vous pouvez vous abonner.