Applied Biosystems – 3130xl
MODES D’ACCÈS
- GeT-Purpan (annuaire) :
- Machine accessible au personnel du plateau uniquement
- Service de séquençage commun : nous contacter
- Runs de plaques de séquence ou d’analyse de fragments : nous contacter
APPLICATIONS
- Séquençage Sanger – en polymère POP7, chimies possibles :
– BigDye Terminator v3.1 (Set Z-BigDyeV3)
– BigDye Terminator v1.1 (Set E-BigDyeV1) - Analyse de Fragments (génotypage, MLPA, ARISA, etc…) – en polymère POP7, dye set possibles :
– DyeSet 4 couleurs (DS-30 ; PowerPlex)
– DyeSet 5 couleurs (DS-33)
CARACTÉRISTIQUES
- Système d’électrophorèse capillaires avec injection électrocinétique
- 16 capillaires – 50 cm
- Capacité : 2 plaques 96 (soit 12 runs consécutifs sans intervention)
- Performances séquençage Sanger :
- 850 nucléotides max. en QV20 : 2h de migration pour 16 échantillons
- 700 nucléotides max. en QV20 : 1h de migration pour 16 échantillons
- Performances analyse de fragments :
- 50 minutes de migration pour 16 échantillons en run 600pb max
- 2h30 de migration pour 16 échantillons en run 1200pb
- Résultats produits sous format :
- .ab1 + .seq non nettoyés (séquençage Sanger)
- .fsa (analyse de fragments)
MAINTENANCES
- GeT-Purpan :
- Machine sous contrat de maintenance
- Maintenance hebdomadaire réalisée par le personnel plateforme
LOGICIELS
- Traitement des données brutes : Data Collection v4.0 + selon l’application :
- Sequencing Analysis v6 (séquençage Sanger)
- GeneMapper v5 (analyse de fragments)
- Logiciels d’analyse disponibles gratuitement :
- Sequence Scanner 2 (séquençage Sanger)
- Peak Scanner 2 (analyse de fragments)
- Logiciels d’analyse sous licence (accessible sur PC d’analyse du plateau – nous contacter) :
- SeqScape v3
- Variant Reporter v2
- GeneMapper v5
INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES
- Durée de conservation des échantillons après run : 15 jours minimum
- Durée de conservation des données brutes : 3 ans
