GeT-TRiX

Responsable opérationnel

• Yannick Lippi – Tél. 05 82 06 64 01 – get-trix@genotoul.fr

Description/spécificités

• Le Plateau TRiX est dédié aux études transcriptomiques (gene expression ou microRNA) sur puces à ADN Agilent et par RNA-seq. Il dispose d’une chaine d’analyse de microarrays Agilent (bioanalyzer, four d’hybridation, scanner) et a développé un service intégrant le contrôle qualité des échantillons et l’analyse statistique des résultats pour les études sur le transcriptome (expression et microRNA). La préparation des marquages des ARNs a été automatisée sur robot de distribution, ce qui permet de produire jusqu’à 96 transcriptomes en parallèle (pour microarrays d’expression et librairies RNA-seq).

Outils

• Annuaire
• Intranet (réservé aux utilisateurs)
• Système d’information

Equipement

• Liste exhaustive des équipements

Service

• Préparation de librairies RNA-seq pour diverses applications:
  • Analyses d’expression des messagers (capture polyA)
  • Analyses des petits ARNs non codants (small RNA-seq)
  • Analyse en faible quantité de départ des ARN totatux (low-input  stranded, mammalian)
  • Analyses bioinformatiques et Biostatistiques de données RNA-seq.
• Microarrays Agilent
  • Analyse sur microarray Gene Expression ou microRNA.
  • Analyse des acides nucléiques et marquage des ARN automatisé (jusqu’à 96 échantillons en parallèle). Hybridation, lavages et lecture des puces Agilent. Aide à la mise en place des projets. Rapport d’analyse des données incluant une recherche des gènes différentiellement exprimés et analyses fonctionnelles (enrichissement de catégories fonctionnelles GO/KEGG parmi les clusters de gènes régulés co-exprimés.
• qPCR 384 puits
  • Analyse des acides nucléiques, distribution des échantillons et réactifs à l’aide d’un automate. Analyse qPCR. Aide à la mise en place des projets.

Perspectives

• Développement des outils de NGS pour l’épigénétique et le RNAseq

Accès

• public/privé.

CONTACT

Plateau GeT-TRiX
ToxAlim UMR1331 INRAe/INP/UPS
180, chemin de Tournefeuille BP93173
31027 Toulouse Cedex 3
Fax: +33 582 06 64 01
get-trix@genotoul.fr