GeT-Santé

Responsable opérationnel

• Emeline Lhuillier – Tél. 05 61 32 56 49 – get-sante@genotoul.fr

Description/spécificités

En tant que porte d’entrée des problématiques de la communauté « santé » au sein de la plateforme GeT, le plateau GeT-Santé est à même de mettre en relation cette communauté avec l’interlocuteur le plus approprié de la Plateforme GeT.

Dans le domaine de la quantification des transcrits, il met à disposition ou propose en service, les technologies de bas à moyen-débit en qPCR (StepOne, QS5) et par ddPCR (QX200). Il dispose de divers outils permettant le contrôle qualité de vos échantillons (NanoDrop, Fragment Analyzer, Qubit).

Au sein de GeT, le plateau a développé une approche analytique « single cell » à travers des outils comme le C1 Fluidigm ou désormais le Chromium de 10X Genomics lui permettant de proposer ses services dans ce domaine : expression génique sur cellule unique, Immune profiling, CITE-seq…

Fort de cette expérience, le plateau propose également depuis 2021 l’approche de Spatiale Transcriptomique sur coupes de tissus.

GeT-Santé a aussi l’ambition d’accompagner les équipes de recherche en santé dans la réalisation de projets de séquençage nouvelle génération, en s’appuyant notamment sur l’offre technologique et l’expertise présentes à GeT-PlaGe : séquençage haut débit et très haut débit sur Illumina, séquençage long reads sur Oxford Nanopore. La préparation des librairies NGS (RNAseq avec ou sans ribodéplétion des ARNr, ChIPseq, WGS…) fait également partie des services que GeT-Santé propose.

Outils

• Annuaire
• Intranet (réservé aux utilisateurs)
• Système d’information

Equipement

• Matériel phare :
  • Chromium Controller (10x Genomics)
  • QX200 AutoDG (Bio-Rad)
  • Fragment Analyzer (Agilent), NanoDrop ND-2000 (Thermo Fisher)
  • ABI StepOnePlus, QS5 et Veriti (Thermo Fisher)
• Liste exhaustive des équipements

Perspectives

• Ouvrir l’expertise single cell vers de nouvelles applications : ATACseq, single nuclei, Targeted Gene Expression…
• Proposer une alternative à la qPCR haut-débit par séquençage de panels RNA.
• Mise en place d’un workflow complet pour la prise en charge des projets depuis le design expérimental jusqu’à l’analyse statistique des résultats grâce à une interaction forte avec le plateau bioinformatique de l’I2MC.

Accès

• public / privé.

CONTACT

Plateau GeT-Santé
INSERM Rangueil – UMR 1297 (I2MC)
Bât L4, 2ème étage, pièce 201,
BP 84255 31432 TOULOUSE Cedex 4
Tel: 05 61 32 56 49 ou 05 61 32 56 08
get-sante@genotoul.fr