GeT | Valorisation 2016
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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Valorisation 2016

Notre participation à la production scientifique

Projets en collaboration

  • DNA-HIC (2015-2017): Molecular characterization and modeling of a bacterial DNA segregation apparatus
  • CAZyChip Choice (2014-2016): Exploration dynamique et fonctionnelle de la biodiversité pour l’hydrolyse de la paroi végétale : caractérisation structurale et fonctionnelle d’hemicellulases d’intérêt couplée au développement d’une biopuce pour la détection de glycoside hydrolases.
  • Domestichick (2013-2016) INRA : De la génomique du genre Gallus à l’histoire de la domestication du poulet
  • EFFECTOORES (2013-2016) : Exploitation des connaissances sur les effecteurs des Oomycetes pour la recherche de résistances durables aux maladies chez les plantes cultivées
  • IMPACT (2014-2016) INRA : Identification of Matrix Proteins Affecting CalciteTexture in chicken and guinea fowls eggshells
  • Vaisseaux et Cancer (2013-2016 – INCA) : caractérisation moléculaire des vaisseaux qui contriuent à l’inibition de la croissance tumorale
  • PigLetBiota (2014-2019) : Une étude de biologie intégrative de l’influence du microbiote intestinal sur la robustesse des porcelets
  • AgENCODE (2015-2016) : a French pilot project to enrich the annotation of livestock genomes
  • Treasure (2015-2019- H2020) : Treatment and Sustainable Reuse of Effluents in semiarid climates
  • Bovano (2015-2017) : IDENTIFICATION AND FUNCTIONAL STUDY OF CATTLE DELETERIOUS MUTATIONS
  • Feed-A-Gene (2015-2020 – H2020) : projet européen pour améliorer l’efficacité alimentaire des monogastriques
  • SELGEN – GenSSeq : développement et la mise en œuvre des méthodes à haut débit permettant d’estimer la valeur génétique des animaux et végétaux
  • Agri-Métatranscriptomique – diversité : Nouvelles perspectives dans l’étude des communautés microbiennes complexes
  • HeliOr (2015-2018) : Séquençage du Génome de l’Orobanche et 2ème génotype Tournesol dans le cadre de SUNRISE
  • Meta-Pac (2015-2018) : Mise au point des analyses de Metagénomique long read
  • EUCLEG_URP3F (2017-)  : Breeding forage and grain legumes to increase EU’s and China’s protein self-sufficiency
  • STURGEoNOMICS COFASP (2017 – ) : Genome-based approaches for improvement of aquaculture in two marine sturgeon species: Atlantic sturgeon and Beluga
  • Sex’nPerch FEAMP (2017-) CRB Anim : Genome sequencing of the European Perch, Perca fluviatilis, to improve sex-control for a better management of the perch’s CRB-Anim genetic resources
  • GenoFish ANR (2017 – ) : Evolution of genes and genomes after whole genome duplication
  • Genesea FEAMP (2017- ) : Développement et validation d’une procédure de sélection génomique chez le bar et la daurade pour améliorer la résistance à des pathologies
  • DG-PHYTOM CASDAR (2017- ) : Spectre d’action et déterminisme génétique de la résistance à Phytophthora infestant chez 12 tomates sauvages pour construire des résistances durables au mildiou

Publications

Identification and Characterization of the dermal panniculus Carnosus Muscle Stem Cells. Naldaiz-Gastesi N, Goicoechea M, Alonso-Martín S, Aiastui A, López-Mayorga M, García-Belda P, Lacalle J, San José C, Araúzo-Bravo MJ, Trouilh L, Anton-Leberre V, Herrero D, Matheu A, Bernad A, García-Verdugo JM, Carvajal JJ, Relaix F, Lopez de Munain A, García-Parra P, Izeta A. Stem Cell Reports. 2016 Sep 13;7(3):411-24. doi:
10.1016/j.stemcr.2016.08.002. Epub 2016 Sep 1

Meiotic pairing and gene expression disturbance in germ cells from an infertile boar with a balanced reciprocal autosome-autosome translocation.Barasc H, Congras A, Mary N, Trouilh L, Marquet V, Ferchaud S, Raymond-Letron I, Calgaro A, Loustau-Dudez AM, Mouney-Bonnet N, Acloque H, Ducos A, Pinton A. Chromosome Res. 2016 Dec;24(4):511-527. Epub 2016 Aug 2. Erratum in: Chromosome res.2016 Dec; 24(4):529-530

CAZYChip: dynamic assessment of exploration of glycoside hydrolases in microbial ecosystems. Abot A, Arnal G, Auer L, Lazuka A, Labourdette D, Lamarre S, Trouilh L, Laville E, Lombard V, Potocki-Veronese G, Henrissat B, O’Donohue M, Hernandez-Raquet G, Dumon C, Leberre VA. BMC Genomics. 2016 Aug 23;17:671. doi: 10.1186/s12864-016-2988-4.

Museomics illuminate the history of an extinct, paleoendemic plant lineage (Hesperelaea, Oleaceae) known from an 1875 collection from Guadalupe Island, Mexico
LOUBAB ZEDANE, CYNTHIA HONG-WA, JEROME MURIENNE, CELINE JEZIORSKI, BRUCE G. BALDWIN and GUILLAUME BESNARD
Biological Journal of the Linnean Society, 2016, 117, 44–57. With 2 figures.

A Follow-Up of the Multicenter Collaborative Study on HIV-1 Drug Resistance and TropismTesting sing 454 Ultra Deep Pyrosequencing
Elizabeth P. St. John, Birgitte B. Simen, Gregory S. Turenchalk, Michael S. Braverman, Isabella Abbate, Jeroen Aerssens, Olivier Bouchez, Christian Gabriel, Jacques Izopet, Karolin Meixenberger, Francesca Di Giallonardo, Ralph Schlapbach, Roger Paredes, James Sakwa, Gudrun G. Schmitz-Agheguian, Alexander Thielen, Martin Victor, Karin J. Metzner, Martin P. Däumer, 454 HIV-1 Alpha StudyGroup
PLOS ONE | DOI:10.1371/journal.pone.0146687 January 12, 2016 1 / 17

Arsenite response in Coccomyxa sp. Carn explored by transcriptomic and non-targeted metabolomic approaches
Sandrine Koechler, Philippe N. Bertin, Frédéric Plewniak, Raymonde Baltenweck, Corinne Casiot, Hermann J. Heipieper, Olivier Bouchez, Florence Arsène-Ploetze, Philippe Hugueney  and David Halter
Environmental Microbiology (2016) doi:10.1111/1462-2920.13227

SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population
Gilles Boutet, Susete Alves Carvalho, Matthieu Falque, Pierre Peterlongo, Emeline Lhuillier, Olivier Bouchez, Clément Lavaud, Marie-Laure Pilet-Nayel, Nathalie Rivière5 and Alain Baranger
BMC Genomics (2016) 17:121

Inferring the demographic history underlying parallel genomic divergence among pairs of parasitic and non-parasitic lamprey ecotypes
Quentin Rougemont, Pierre-Alexandre Gagnaire, Charles Perrier, Clémence Genthon, Anne-Laure Besnard, Sophie Launey, Guillaume Evanno

Single-cell analysis reveals new subset markers of murine peritoneal macrophages and highlights macrophage dynamics upon Staphylococcus aureus peritonitis
Solene Accarias, Clemence Genthon, David Rengel, Severine Boullier, Gilles Foucras and Guillaume Tabouret
Innate Immunity 0(0) 1–11 DOI: 10.1177/1753425916651330

Whole-genome resequencing of honeybee drones to detect genomic selection in a population managed for royal jelly
David Wragg, Maria Marti-Marimon, Benjamin Basso, Jean-Pierre Bidanel, Emmanuelle Labarthe, Olivier Bouchez, Yves Le Conte & Alain Vignal
Scientific Reports | 6:27168 | DOI: 10.1038/srep27168

The impact of long-term hydrocarbon exposure on the structure, activity, and biogeochemical functioning of microbial mats
Johanne Aubé, Pavel Senin, Olivier Pringault, Patricia Bonin, Bruno Deflandre, Olivier Bouchez, Noëlle Bru, Edurne Biritxinaga-Etchart, Christophe Klopp, Rémy Guyoneaud, Marisol Goñi-Urriza
MPB-07897; No of Pages 11

Evolutionary processes and cellular functions underlying divergence in Alexandrium minutum.
Mickael le Gac, Gabriel Metegnier, Nicolas Chomérat, Pascale Malestroit, Julien Quéré, Olivier Bouchez, Raffaele Siano, Christophe Destombe, Laure Guillou, Annie Chapelle

A Panel of Embryonic Stem Cell Lines Reveals the Variety and Dynamic of Pluripotent States in Rabbits
Pierre Osteil, Anais Moulin, Claire Santamaria, Thierry Joly, Luc Jouneau, Maxime Aubry,Yann Tapponnier, Catherine Archilla, Barbara Schmaltz-Panneau, Jerome Lecardonnel, Harmonie Barasc, Nathalie Mouney-Bonnet, Clemence Genthon, Alain Roulet, Cecile Donnadieu, Herve Acloque, Elen Gocza, Veronique Duranthon, Marielle Afanassieff, and Pierre Savatier1,
Stem Cell Reports (2016),

Extraction of high-molecular-weight genomic DNA for long-read sequencing of single molecules
Baptiste Mayjonade, Jérôme Gouzy, Cécile Donnadieu, Nicolas Pouilly, William Marande, Caroline Callot, Nicolas Langlade, and Stéphane Muños
BioTechniques 61:203-205 (October 2016) doi 10.2144/000114460

Experimental evolution of rhizobia may lead to either extra- or intracellular symbiotic adaptation depending on the selection regime
MARTA MARCHETTI , CAMILLE CLERISSI , YASMINE YOUSFI, CARINE GRIS, OLIVIER BOUCHEZ, EDUARDO ROCHA, STEPHANE CRUVEILLER, ALAIN JAUNEAU, DELPHINE CAPELA and CATHERINE MASSON-BOIVIN

Construction of a large collection of small genome variations in French dairy and beef breeds using whole-genome sequences
Mekki Boussaha, Pauline Michot, Rabia Letaief, Chris Hozé, Sébastien Fritz, Cécile Grohs, Diane Esquerré, Amandine Duchesne, Romain Philippe, Véronique Blanquet, Florence Phocas, Sandrine Floriot, Dominique Rocha, Christophe Klopp, Aurélien Capitan and Didier Boichard
Genetics Selection Evolution 201648:87 DOI: 10.1186/s12711-016-0268-z

Identification and characterization of copy number variations in cattle.
Letaief, R, Grohs, Fritz S, Rocha D, Boussaha M, Esquerre D, Barbieri J, Fritz S, Klopp C, Philippe R, Blanquet V, Boichard D
JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE DOI: 10.2527/jas2016.94supplement4183a

Polymorphic Microsatellite Markers for the Tetrapolar Anther-Smut Fungus Microbotryum saponariae Based on Genome Sequencing
Fortuna TM, Snirc A, Badouin H,  Gouzy J, Siguenza S, Esquerre, Le Prieur S, Shykoff JA, Giraud T
PLOS ONE  Volume: 11 Issue: 11 Article Number: e0165656 DOI: 10.1371/journal.pone.0165656

The Extent of mRNA Editing Is Limited in Chicken Liver and Adipose, but Impacted by Tissular Context, Genotype, Age, and Feeding as Exemplified with a Conserved Edited Site in COG3
Roux PF,  Fresard L, Boutin M, Leroux S, Klopp C, Djari A, Esquerre D, Martin PGP, Zerjal T ,  Gourichon D, Pitel F, Lagarrigue S
G3-GENES GENOMES GENETICS Volume: 6 DOI: 10.1534/g3.115.022251

Posters/Présentations