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Ion PGM

Ion Torrent - PGM

Ion Torrent – PGM

MODES D’ACCÈS

  • GeT-Purpan (annuaire) :
    • nous contacter

APPLICATION

CARACTÉRISTIQUES

  • Utilisation de la chimie Hi-Q
  • Réalisation de la PCR en émulsion avec le module One Touch 2 et enrichissement sur module ES
  • 2 longueurs de lecture possibles (single read) :
    • 200 bases (lecture jusqu’à 275 bases max.)
    • 400 bases (lecture jusqu’à 400 bases max.)
  • 3 formats puces possibles :
    • 314 : ~450 000 reads
    • 316 : ~2.5 millions reads
    • 318 : ~5 millions reads
  • Possibilité de multiplexage (jusqu’à 96 index pour l’ADN et 16 index pour l’ARN)
  • Durée d’un run : 2h30 à 7h30 selon la longueur de lecture et la puce
  • Rendement : de 30 Mb à 2 Gb selon la puce, la longueur de lecture et l’application
  • Résultats disponibles sous format fastq, ubam ou bam + bai en fonction des applications
  • Possibilité de générer les .vcf et de transférer vers Ion Reporter

MAINTENANCES

  • GeT-Purpan:
    • Machine sous contrat de maintenance
    • Maintenance ordinaire assurée par le personnel plateforme
    • Maintenance annuelle assurée par le fournisseur

LOGICIELS

  • Traitement des données brutes et analyse qualité primaire réalisée par le plateau : Torrent Suite Software
  • Pour l’analyse secondaire, un compte peut être créé gratuitement sur l’interface Ion Reporter

INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES

  • Durée de conservation des données : 2 ans
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