GeT | Ion PGM
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
1398
portfolio_page-template-default,single,single-portfolio_page,postid-1398,ajax_fade,page_not_loaded,smooth_scroll,,qode-theme-ver-3.4,wpb-js-composer js-comp-ver-5.2,vc_responsive
 

Ion PGM

Ion Torrent - PGM

Ion Torrent – PGM

MODES D’ACCÈS

APPLICATION

CARACTÉRISTIQUES

  • Utilisation de la chimie Hi-Q
  • Réalisation de la PCR en émulsion avec le module One Touch 2 et enrichissement sur module ES
  • 2 longueurs de lecture possibles (single read) :
    • 200 bases (lecture jusqu’à 275 bases max.)
    • 400 bases (lecture jusqu’à 400 bases max.)
  • 3 formats puces possibles :
    • 314 : ~450 000 reads
    • 316 : ~2.5 millions reads
    • 318 : ~5 millions reads
  • Possibilité de multiplexage (jusqu’à 96 index pour l’ADN et 16 index pour l’ARN)
  • Durée d’un run : 2h30 à 7h30 selon la longueur de lecture et la puce
  • Rendement : de 30 Mb à 2 Gb selon la puce, la longueur de lecture et l’application
  • Résultats disponibles sous format fastq, ubam ou bam + bai en fonction des applications
  • Possibilité de générer les .vcf et de transférer vers Ion Reporter

MAINTENANCES

  • GeT-Purpan:
    • Machine sous contrat de maintenance
    • Maintenance ordinaire assurée par le personnel plateforme
    • Maintenance annuelle assurée par le fournisseur

LOGICIELS

  • Traitement des données brutes et analyse qualité primaire réalisée par le plateau : Torrent Suite Software
  • Pour l’analyse secondaire, un compte peut être créé gratuitement sur l’interface Ion Reporter

INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES

  • Durée de conservation des données : 2 ans
Dans la même catégorie
HiSeq3000
Cellule unique, GeT-PlaGe, Séquençage nouvelle génération
Illumina-MiSeq
MiSeq
Accès autonome, Cellule unique, GeT-PlaGe, Séquençage nouvelle génération
Thermo Fisher scientific Ion S5
Ion S5
GeT-BioPuces, Séquençage nouvelle génération
Ion PGM
GeT-Purpan, Séquençage nouvelle génération
PacBio RSII
GeT-PlaGe, Séquençage nouvelle génération
10X Chromium
Chromium
Cellule unique, GeT-PlaGe, Séquençage nouvelle génération
MinION
GeT-PlaGe, Séquençage nouvelle génération
C1
Cellule unique, GeT-TQ, Séquençage nouvelle génération
Autres catégories