GeT | ABI3730
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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ABI3730

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MODES D’ACCÈS

  • GeT-PlaGe (annuaire) :
    • Machine soumise à réservation, accessible après formation

APPLICATIONS

  • Séquençage : matrice BigDye Terminator v3.0 Sequencing Standard (Set Z-BigDyeV3)
  • Génotypage :(Analyse de fragments, SSR, RFLP, AFLP, ARISA) matrice 4 couleurs DS-30, 5 couleurs DS-33 (voir tableau ci-dessous)
  • SNaPshot (DS-02) en option

CARACTÉRISTIQUES

  • Réseau de 48 capillaires de 50 cm
  • Système de remplissage automatique du polymère POP7
  • Chargement automatique des plaques
  • 1 stackeur contenant jusqu’à 16 plaques 96 ou 384 puits
  • Injection électrocinétique
  • Enceinte thermostatée, programmable entre 18 et 70°C
  • Excitation laser argon (double faisceau multi-chromatique, 488 et 514,5 nm)
  • Caméra CCD
  • Résultats sous format fsa (génotypage) et ab1 (séquençage)
  • Le logiciel Data Collection Software V.3.0 est installé sur le PC du séquenceur
  • Plaques format 96 ou 384
  • 2 h de migration pour 48 échantillons de séquence
  • 45 min/1 h de migration pour 48 échantillons de génotypage
  • Possibilité de pooler jusqu’à 20 marqueurs différents par piste

MAINTENANCES

  • GeT-PlaGe :
    • Machine sous contrat de maintenance
    • Maintenance hebdomadaire réalisée par le personnel plateforme

LOGICIELS

  • Analyse des résultats : GeneMapper, Sequencing Analysis, SeqScape, Sequence Scanner

INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES

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