GeT | ABI3130xl
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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ABI3130xl

Applied Biosystems - 3130xl

Applied Biosystems – 3130xl

MODES D’ACCÈS

  • GeT-Purpan (annuaire) :
    • Machine accessible au personnel du plateau uniquement
    • Service de séquençage commun : nous contacter
    • Runs de plaques de séquence ou d’analyse de fragments : nous contacter

APPLICATIONS

  • Séquençage Sanger – en polymère POP7, chimies possibles :
    – BigDye Terminator v3.1 (Set Z-BigDyeV3)
    – BigDye Terminator v1.1 (Set E-BigDyeV1)
  • Analyse de Fragments (génotypage, MLPA, ARISA, etc…) – en polymère POP7, dye set possibles :
    – DyeSet 4 couleurs (DS-30 ; PowerPlex)
    – DyeSet 5 couleurs (DS-33)

CARACTÉRISTIQUES

  • Système d’électrophorèse capillaires avec injection électrocinétique
  • 16 capillaires – 50 cm
  • Capacité : 2 plaques 96 (soit 12 runs consécutifs sans intervention)
  • Performances séquençage Sanger :
    • 850 nucléotides max. en QV20 : 2h de migration pour 16 échantillons
    • 700 nucléotides max. en QV20 : 1h de migration pour 16 échantillons
  • Performances analyse de fragments :
    • 50 minutes de migration pour 16 échantillons en run 600pb max
    • 2h30 de migration pour 16 échantillons en run 1200pb
  • Résultats produits sous format :
    • .ab1 + .seq non nettoyés (séquençage Sanger)
    • .fsa (analyse de fragments)

MAINTENANCES

  • GeT-Purpan :
    • Machine sous contrat de maintenance
    • Maintenance hebdomadaire réalisée par le personnel plateforme

LOGICIELS

  • Traitement des données brutes : Data Collection v4.0 + selon l’application :
    • Sequencing Analysis v6 (séquençage Sanger)
    • GeneMapper v5 (analyse de fragments)
  • Logiciels d’analyse disponibles gratuitement :
    • Sequence Scanner 2 (séquençage Sanger)
    • Peak Scanner 2 (analyse de fragments)
  • Logiciels d’analyse sous licence (accessible sur PC d’analyse du plateau – nous contacter) :
    • SeqScape v3
    • Variant Reporter v2
    • GeneMapper v5

INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES

  • Durée de conservation des échantillons après run : 15 jours minimum
  • Durée de conservation des données brutes : 3 ans
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