GeT | GeT-Purpan
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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GeT-Purpan

Responsable opérationnel

Description

  • Le Plateau de Génomique GeT-Purpan est dédié aux applications de Séquençage Sanger et Nouvelle Génération, et au génotypage. Il dispose pour cela d’un analyseur génétique ABI 3130xl permettant diverses applications en électrophorèse capillaire, ainsi que d’un Ion Torrent PGM pour les applications de séquençage ciblé haut-débit.
  • Le plateau est également équipé des machines permettant les contrôles qualité pour le séquençage nouvelle-génération.
  • Le plateau propose la réalisation des séquences Sanger à partir de diverses matrices sur un service commun quotidien, et l’accompagnement de la mise en place des projets de séquençage et génotypage sur l’analyseur génétique 3130xl. Des logiciels dédiés à l’analyse sont mis à disposition.
  • Le plateau propose la réalisation des projets NGS (re-séquençage ciblé à partir d’amplicons, petits génomes, 16S, typage viral…) sur Ion Torrent PGM.

Outils

Equipement

  • Ion Torrent PGM (Life Technologies)
  • Analyseur Génétique 3130xl Applied Biosystems (Life Technologies)
  • BioAnalyzer (Agilent Technologies) et QuBit (Life Technologies)
  • En libre service sur le plateau (non géré par GeT) : Odyssey (LI-COR)
  • Liste exhaustive des équipements

Service

  •  Ion Torrent PGM
    • Réalisation des projets NGS « petit-débit » : élaboration des projets, contrôles des échantillons, construction des librairies, séquençage Ion Torrent, analyse bioinfo primaire
  • Analyseur Génétique 3130xl
    • Service de Séquençage Sanger de proximité, pas de minimum d’échantillons (de 1 à plusieurs centaines possibles). Service à façon (diverses prestations possibles).
    • Runs séquençage ou analyse de fragments.
    • Conseils aux utilisateurs pour la préparation des échantillons et l’analyse des résultats pour les analyses génétiques sur électrophorèse capillaire (séquençage ou analyses de fragments).

Perspectives

  • Améliorer l’offre de service séquençage / génotypage à façon pour la communauté scientifique et médicale toulousaine.
  • Développer l’activité sur le séquenceur Nouvelle-Génération Ion PGM (Ion Torrent – Life Technologies) pour répondre aux besoins émergents de séquençage ciblé petit-débit, et séquençage petits génomes.

Accès

  • public/privé.

CONTACT

Plateau de Génomique GeT-Purpan
UMR 1056 INSERM/UPS – UDEAR
CHU Purpan
Place du Dr Baylac – TSA 40031
31059 TOULOUSE CEDEX 9
FRANCE
Tel : +33 (0)5 61 15 84 36
get-purpan@genotoul.fr

Situation géographique

Quelques indications pour venir en fonction de votre moyen de transport ici .