GeT | GeT-BioPuces
GeT : plateforme de Génomique et transcriptomique
ARN, Transcriptomique, RNA, Transcriptomics, ADN, génomique, DNA, genomics, cellule unique, single cell, Polymorphisme, polymorphism, NGS, Next Generation Sequencing , puces à ADN, microarrays, qPCR à Haut Débit (qPCR HD), High throughput Quantitative PCR, Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données, Bioinformatics and biostatistical analysis
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GeT-BioPuces

Responsable opérationnel

Description/spécificités

  • La plateforme Get-Biopuces est spécialisée dans la production, l’analyse et le développement de biopuces à ADN ainsi que dans les technologies de séquençage nouvelle génération (NGS). Elle fournit aux utilisateurs tout l’équipement et l’expertise d’une équipe multidisciplinaire (biologie, bioinformatique, statistiques et informatique) pour produire des biopuces et mener des expériences de génomique et transcriptomique sur divers systèmes biologiques (microbiens, plantes, animaux, humains).
  • Engagée dans une démarche qualité afin de satisfaire au mieux ses utilisateurs, la plateforme Get-Biopuces a été labellisée à nouveau IBiSA en 2013 et NFX50-900 en 2016. Nous assurons le suivi des projets de la réception des échantillons à l’analyse des données (contrôle qualité à chaque étape du processus) en prestation de service ou collaboration scientifique.
  • Biopuces : puces à façon, technologies Agilent et Affymetrix
    • Les biopuces permettent de mesurer des différences d’expression génétique (puces d’expression), de comparer le contenu génétique de différents génomes (puces CGH). Le personnel de la plateforme accompagne les utilisateurs dans la conception et dans la préparation du projet, en particulier en ce qui concerne le design de l’expérience (ex: design des sondes si puces à façon, choix de la technologie Agilent ou Affymetrix, nombre de réplicats biologiques, préparation des échantillons). Nous réalisons les expériences (excepté l’extraction des ARNs totaux) mais vous pouvez, si vous le désirez, suivre les différentes étapes expérimentales en notre compagnie.
  • Séquençage : Technologie Ion Torrent
    • Le séquenceur Ion S5 (Ion Torrent) utilise la technologie de séquençage par semiconducteur. Grâce à ses trois puces de différentes tailles (520, 530 et 540 ; respectivement 2-5 et 15Gb de données), il permet un séquençage plus flexible, plus rapide (entre 2h30 et 5h) et donc plus économique. Il est recommandé pour vos projets à bas et moyen débit sur tout type d’organisme même les plus inhabituels.
  • Analyses : bioinformatique et statistique
    • Nous réalisons les analyses suite à une prestation mais nous proposons également l’analyse de vos données même si elles ne sont pas issues d’un projet de notre plateforme.
  • Déroulement-type d’une prestation
    • Discussion du projet entre le client et les membres de la plateforme
    • Établissement et envoi d’un devis par la plateforme
    • Après acceptation du devis, renvoi du devis, du bon de commande et de la fiche prestation signés par le client
    • Réception des échantillons et contrôle qualité
    • Microarrays (marquages, hybridations) ou séquençage (préparation des librairies, run)
    • Acquisition des données et contrôle qualité
    • Analyse des données (bioinformatique et statistique)
    • Envoi des données- rendu des résultats
    • Questionnaire satisfaction

Outils

Equipement

  • Matériel phare :
    • Robot de dépôt : Qarray mini /Genetix-Proteigene.
    • Contrôle qualité : Nanodrop, Bioanalyzer, Qubit.
    • Stations d’hybridation : Agilent, Affymetrix.
    • Scanners: Innoscan 900 Innopsys, Roche MS200.
    • Séquençage : séquençeur Thermo Ion S5 System avec module One Touch 2
    • Logiciels: IonTorrent Suite, Mapix, Feature Extraction
  • Liste exhaustive des équipements

Perspectives

  • AmpliSeq RNA Transcriptome
  • Métagénomique ITS avec analyses
  • Mise en place du RNAseq sur cellule unique avec Ion Torrent

Accès

  • public/privé.
  • Projets petit et moyen débit sur toutes espèces en routine.
  • Projets haut débit en association avec les autres sites de GeT

Qualité

  • Certification ISO 9001 Mai 2010, renouvelée en 2013 puis passage à la norme NFX50-900 en mai 2016.

CONTACT

Plateforme Biopuces
Institut National des Sciences Appliquées
Bât 39 – Bio5
135 Avenue de Rangueil
31077 Toulouse Cedex 04
Fax: +33(0)5 61 55 94 00
biopuces@insa-toulouse.fr

Situation géographique

Quelques indications pour venir en fonction de votre moyen de transport sur le site du LISBP.