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Ion PGM

Personal Genome Machine de Ion Torrent

 

LOCALISATION

 

 APPLICATIONS

 

 

CARACTERISTIQUES

 

  • Réalisation de la PCR en émulsion avec le module One Touch 2 et enrichissement sur module ES

  • Utilisation de la chimie Hi-Q

  • 2 longueurs de lecture possibles (single read) :
    • 200 bases (lecture jusqu'à 275 bases max.)
    • 400 bases (lecture jusqu'à 400 bases max.)

  • 3 formats chips v2 possibles :
    • 314 (1.2 millions puits)
    • 316 (6 millions puits)
    • 318 (11 millions puits)

 

NOMBRE D'ECHANTILLONS SEQUENCES

 

  • Possibilité de multiplexage (jusqu'à 96 index pour l’ADN et 16 index pour l’ARN)

 

PERFORMANCES

 

  • Durée d'un run : 2h30 à 7h30 selon la longueur de lecture et la puce

  • Rendement (à titre indicatif, dépend des applications) :

Chip

# reads

Throughput 200 b read

Throughput 400 b read

314

400-500 K

30-50 Mb

60-100 Mb

316

2-3 M

300-600 Mb

600 Mb - 1 Gb

318

4-5.5 M

600 Mb - 1 Gb

1.2 - 2 Gb

 

 

 

MAINTENANCE

 

  • Maintenance hebdomadaire assurée par le personnel du plateau

  • Maintenance annuelle assurée par le fournisseur

 

INFORMATIONS COMPLEMENTAIRES

 

  • Résultats disponibles sous format fastq, ubam ou bam + bai en fonction des applications

    Possibilité de générer les .vcf et de transférer vers Ion Reporter