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ABI 3130xl

Analyseur Génétique 3130xl 16 capillaires APPLIED BIOSYSTEMS

LOCALISATION

APPLICATIONS

  • Séquençage - en polymère POP7, chimies possibles :
    - BigDye Terminator v3.1 (Set Z-BigDyeV3)
    - BigDye Terminator v1.1 (Set E-BigDyeV1)

  • Analyse de Fragments (Génotypage et assimilés) - en polymère POP7, dye set possibles :
    - DyeSet 4 couleurs (DS-30 ; PowerPlex)
    - DyeSet 5 couleurs (DS-33)

 

Dye Set

Filter Set

Blue

Green

Yellow

Red

Orange

DS-30

D

6-FAM

HEX

NED

ROX

 

PowerPlex

F

FL

JOE

TMR

CXR

 

DS-33

G5

6-FAM

VIC

NED

PET

LIZ


CARACTERISTIQUES

  • 16 capillaires - 50 cm
  • Capacité : 2 plaques 96 (soit 12 runs consécutifs sans intervention)
  • Injection électrocinétique
  • Excitation laser
  • Caméra CCD
  • Résultats sous format .fsa (génotypage) et .ab1 (séquençage)


PERFORMANCES

  • Séquences de 850 nucléotides max. en QV20 : 2h de migration pour 16 échantillons
  • Séquences de 700 nucléotides max. en QV20 : 1h de migration pour 16 échantillons
  • Génotypage : 50 minutes de migration pour 16 échantillons en run 600pb max (2h30 pour 1200pb)

 

UTILISATION

  • Pas d'utilisation en autonomie : tous les runs sont lancés par le personnel du plateau
  • Le plateau propose 3 niveaux de prestations :
    • Réalisation complète du séquençage en chimie v3.1 à partir de matrices purifiées : ReacSeq.1, ReacSeq.16
            N.B. : les purifications sont réalisées selon la méthode BigDye XTerminator
  • Pour obtenir les tarifs, contactez le plateau
  • Après l'envoi des résultats, les échantillons sont conservés pendant 15 jours.


MAINTENANCES

  • Contrat de maintenance annuelle auprès de la société Applied Biosystems
  • Maintenance hebdomadaire réalisée par le personnel du plateau

 

 ANALYSE DES DONNEES

  • Analyse des données brutes et production des données exploitables sur :
    - Sequencing Analysis version 6
    - Genemapper version 5.0
  • Pour la visualisation et l'analyse qualité de vos données, des logiciels sont disponibles au téléchargement gratuit sur le site de Life Technologies :
    - Sequence Scanner 2 (séquences .ab1)
    - Peak Scanner 2 (génotypage .fsa)